La circulación en la parte superior del fiordo Aysén presenta una importante componente estuarina. El flujo superficial es afectado significativamente por el viento produciendo eventos que revierten el flujo y llegan a predominar en primavera.

En superficie (2-3 m) el flujo medio es hacia la cabeza del fiordo. Entre los 3-7m el flujo medio es hacia la boca y más abajo entre los 7-20 m el flujo es nuevamente hacia la cabeza. Esta estructura vertical sería el resultado de la interacción entre la circulación estuarina y el esfuerzo del viento que actúa en superficie durante primavera y verano.

Las series de tiempo de corrientes muestran que existen fluctuaciones relativamente energéticas de varios días de duración y que se extienden en profundidad, una fracción importante de estas fluctuaciones parece estar relacionada con perturbaciones sinópticas del viento. Las corrientes profundas observadas en el fiordo Aysén fueron, en general, débiles. Debido a la presencia de diferentes constricciones (o sills) la renovación de las aguas sub-superficiales en el fiordo no es eficiente.

Las corrientes superficiales medidas con radar HF marino mostraron velocidades intensas de hasta unos 80 (cm/s), con diferencias apreciables entre las corrientes superficiales en el centro y en las orillas del fiordo. Este gradiente espacial puede ser muy intenso, con ocurrencia de fuertes contracorrientes superficiales. La corriente superficial respeta habitualmente – pero no siempre – la circulación estuarina, dependiendo de la dirección del viento. Se encontró que las mareas constituyen un componente muy pequeño de la corriente superficial en el fiordo Aysén, siendo responsable de corrientes superficiales de no más de 10 cm/s, comparadas con corrientes totales que pueden alcanzar hasta unos 80 cm/s. Se puede deducir que los vientos son determinantes en la dirección de la corriente superficial en el fiordo Aysén. Se encontró que las corrientes superficiales transversales al fiordo son menores a las longitudinales, pero del mismo orden de magnitud que éstas. Con las velocidades transversales encontradas, en general a las parcelas de agua les tomaría del orden de 10 horas en alcanzar la orilla opuesta del fiordo. Se encontró una recirculación horaria en zona central del fiordo Aysén (periodo julio-septiembre), en la zona cercana a Punta Tortuga.